Call of Duty: Black Ops II nabídne jako první díl v sérii CoD, tzv. větvení děje. Hráč si bude moci určit mise a pořadí, kterými sám půjde. Zásadně to však ovlivní celý příběh hry. Jestliže se na křižovatce dáte doprava, už se nemůžete vrátit a zahnout doleva, aniž byste si hru před tím uložili. Taktéž zde může u špatné volby pořadí dojít k úplně smrti hlavního hrdiny a konec hry. Budete muset tak začít kampaň znovu. Hru to dělá trochu složitější, a to určitě hráči ocení. Tato novinka bude použitelná pouze v druhé dějové lince, tedy v budoucnosti, kde budete hrát za Davida.
V těchto misích si hráč bud emoci okusit několik nových aktivit, jako například řízení letounu, ovládání robota nebo navigování automatického vozidla. Když hráč během těchto misí zemře, zde už lze hru obnovit z posledního checkpointu, kde jste si jí také řádně uložili. Ať už se dáte na tu nebo onou misi, rozhodně zasáhnete do příběhu a také plánů hlavního záporáka Raula Menendeze. No nechme se překvapit!
